Nano-tRNA分析

 tRNA在生物体内的丰度与修饰分析一直是一个比较棘手的问题。一是tRNA的特殊结构(容易形成发夹结构）以及碱基间不是完全配对，二是分子量比较小且含各种修饰。质谱法虽然可以其对丰度进行检测，但无法揭示tRNA上的修饰；tRNA测序在cDNA文库的建立时，受发夹结构的影响，会“跳过”或是“简并”一些序列，更重要的是，反转录时会“删除”修饰信息。

      牛津纳米孔直接测序（ONT-DRS)虽然可以直接对tRNA直接测序，而且还能识别碱基修饰，但一般认为，ONT-DRS只适合长序列的RNA序列（>200nt), 对小于100nt的tRNA捕获及读取非常低。

    为此，来自西班牙庞培法布拉大学Novoa实验室的科学家开发了一种tRNA分析技术（nano-tRNA), 其思路是既然tRNA分子太短小了，那么就人为增加tRNA分子的序列，也就是在5'端与3'端连上各种接头、夹板序列后，再直接测序（见下图）

      鉴于就算连上各种序列后，其序列仍然较短，研究人员又在纳米孔分析软件MinKNOW的设置上进行了优化，终于得到比较满意的结果，即在对tRNA丰度分析的同时，也能得碱基的修饰信息（具体内容见文献）。nano-tRNAseq 标志着 tRNA 和翻译组学领域的一个重要里程碑，能够对tRNA 分子处于全长、天然状态，可定量 tRNA 丰度并检测 tRNA 修饰。

       Immgina在获得nano-tRNA技术的独家开发授权后，对此进行了进一步的优化，推出了nano-tRNA 分析试剂盒，这是第一种能够量化 tRNA 丰度同时能够识别 tRNA 修饰的工具试剂盒。感兴趣的可以联系我。

 Quantitative analysis of tRNA abundance and modifications by nanopore RNA sequencing. Nat Biotechnol42