MESF和ERF有什么不同?
以前我说过MESF与ERF可以等同看,其实还有是差别的。
MESF 是等效可溶性荧光分子数,一般是指,荧光球上的荧光值相当于多少个同种游离荧光分子发出来的荧光值。举个例子,我们测得的某个FITC荧光球的荧光值MFI=10000, 在同等条件下,我们测得溶液中FITC的荧光值MFI也为10000,而且我们通过计算,得到这个值是100个FITC分子发出来的,那么我们就称这个荧光球的MESF值为100,也就是认为球上有100个FITC荧光分子。
ERF 是等效的标准荧光分子数,一般是指,荧光球上的荧光值相当于多少个标准游离荧光分子发出来的荧光值。要注意的是在这儿,荧光球上的荧光分子与标准的荧光分子是不同的,只不过是荧光光谱相同。最明显的例子是,当我们用Spherotech的8峰球来定量时,球上的荧光(如质控PE通道的荧光分子)并不是真正对应通道的荧光分子,只不过其光谱相近。它的ERF值,就是相当于对应质控荧光(如PE)分子数。显然,两个荧光虽然光谱相近,但其发光效率,光子产率是不同的,所以ERF 定量不能替代MESF定量。
Micromod的Synomag 磁珠是如何测含铁量的?
采用光谱荧光法,以铁标准品为参照测定铁浓度。
光谱流式用什么alignment QC球为好?
常规的流式细胞仪,我们一般用最亮的Alignmnet 荧光球来进行光路的质控,这是因为最亮的荧光球,有最好的信噪比和精确的峰值分辨率。如最常用的URFP-30-2以及RFP-30-5。
但光流式则不一样,最好是用中等亮度的Alignment,这是因为:光谱流式依赖于同时测量数十个检测器上的精确光谱特征。如果使用最亮的荧光微球,主峰通道中的信号可能会完全饱和检测器,从而扭曲二级通道中收集到的光的相对比率。中等亮度的微珠可在所有通道上生成干净、可靠且数字上精准QC结果,而不会造成削波或饱和。常见和微球有Spherotech的URFP-38-5A。
Ribo-tRNA与nano tRNA有什么区别?
Ribo-tRNA结合了 Ribolace 与nano-tRNA技术,其分析重点是有些不同。
Ribolace 是纯化 active ribosome,因此Ribo-tRNA只是分析与active ribosomes 结合在一起的tRNA。其流程是将利用Ribolace磁珠将正处于翻译中的核糖体纯化,然后将上面的tRNA进一步富集,利用nano tRNA技术,直接测tRNA序列,得到的结果是正在参与翻译的tRNA的丰度和修饰。
nano-tRNA 是将总tRNA提取出来后,利用nano tRNA技术,直接测tRNA序列,得到的结果是总tRNA的丰度和修饰。
由此,可以看到;nano tRNA要求的样品量是要小于Ribo-tRNA;Ribolace将核糖体纯化后,可以进一步分别纯化RPF和tRNA,进入常规的Riolacea或是nano tRNA分析。
东莞汉诺目前已经推出 nano tRNA测序及数据分析服务。
Nano tRNA sequencing都能检测哪些修饰?
目前nano tRNA能直接读出的有9种:5mCG、5mCG-5hmCG、6mA、5mC-5hmC、4mC-5mC、m6A_DRACH、preU、inosine-m6A、m5C。
什么是Detection threthold?
Bangslabs QuickCal®在计算标曲时,在报告回归R^2的同时,也会报告detection threthold (阈值). 那什么是Detection threthold呢?
在检测标本时,Detection threthold 反映的是检测对像的背景信号。比如空白对照的信号为 X ,那么加上数倍的方差后(如3倍或5倍的方差),我们就得到一个判定阳性的值 ,超过这个数值我们就判定为阳性。
在 QuickCal®计算表格中,空白球的虽然不参与标曲的生成,但它总是能读到一个值 ,这个就是背景值。这个值我们也可以用生成的标曲去计算其MESF或ABC值 ,得到的这个值 就是Detection threthold 。
CAR (G4S Linker) Antigen Density Quantitation Kit (PE)与Bangslabs的MESF(PE)有何不同?
Cell Signaling 公司的CAR(G4S Linker)抗原密度定量试剂盒(PE) 能够定量分析经过工程化改造、表达含有G4S linker的单链抗体可变片段(scFv)嵌合抗原受体(CAR)的细胞表面CAR表达水平。这个试剂盒的原理与Bangslabs的MESF(PE)原理是完全相同的。不同之处在于,该试剂盒配了PE 荧光标记一抗(G4S Linker (E7O2V) Rabbit mAb (PE Conjugate),所以应用范围窄; 而Bangslabs的MESF(PE)试剂盒需要用户根据自已的目标,选择一抗,适配性更好一些。
另外,Cell Signaling公司的该试剂盒认为抗体与抗原是单价结合的,而且一个抗体分子只结合了一个PE蛋白,因此测得的值就是抗原的绝对定量。而Bangslabs的抗体是不是单价与抗原结合,上面有多少个PE分子,需要根据具体的抗体来确认(不同厂家,可能不同),因此严格说来,还是相对定量。
Spherotech的RCP-05-05质控球(纳米流式)有无官方PMT模板?
Spherotech的网站上并未提供此类内容的正式模板。但厂家已利用 NIST ERF 珠子对数值进行了较准,以适用于 RCP-05-5 各组。Spherotech可提供如类似RCP-30-5A的定制模板。但需要您告知所涉及的具体仪器型号,以便可据此对模板进行相应调整。